子宫颈囊肿一般是由于在子宫颈糜烂的愈合过程中，有新生的鳞状上皮，覆盖了宫颈腺管口，或伸入了腺管，从而使腺管口出现阻塞，腺管周围的结缔组织出现增生，或瘢痕的形成压迫了腺管，使腺管从而变窄，甚至阻塞，腺体的分泌物，引流时受到阻碍，滞留而形成了囊肿。

　　慢性子宫颈炎时，子宫颈腺体及周围组织都增生，当腺管被周围组织所挤压，腺口阻塞，使腺体内的分泌物不能外流而潴留于内，致腺腔扩张，形成大小不等的囊形肿物。囊肿一般小而分散，呈混浊脓性，可突出于子宫颈表面。小的仅有小米粒大，大的可达玉米粒大，呈青色，又称纳博特囊肿。(指导阅读：宫颈囊肿怎么治疗)