卵巢囊肿多为功能性卵巢囊肿，这是由于异常量的液体聚积在滤泡和黄体，形成滤泡囊肿和黄体囊肿。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，在卵巢形成大量粘稠咖啡样像巧克力状的液体。浆液性或粘液性囊肿是因为具有分泌功能性的浆液细胞和粘液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断的分泌液体形成囊肿。这种囊肿不会消失，需要手术治疗。畸胎瘤是一种特殊的卵巢囊肿，胚胎时期细胞分化出现问题，经过很长时间才表现出来。